实习期旷工三天自动离职的处理可能受以下特殊情况影响：1.公司规章制度未依法制定或公示：若公司的“旷工三天自动离职”制度未经过职工代表大会讨论或未向实习生公示（如未发放员工手册、未组织培训），该制度可能被认定为无效，自动离职的认定不成立，公司需依法办理离职手续并支付工资；2.旷工系不可抗力导致：若旷工是因突发疾病、自然灾害等不可抗力因素（如实习生突发急性阑尾炎住院三天无法请假），公司不得仅以“旷工”为由认定自动离职，需结合实际情况协商处理，否则可能构成违法解除；3.实习期未签订书面劳动合同：若公司未与实习生签订书面劳动合同，旷工自动离职的认定缺乏合同依据，实习生可主张未签合同的双倍工资赔偿，同时公司需支付已工作期间的工资。
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针对“旷工三天自动离职后是否影响工资权益”这一核心问题，可依据以下法律规定分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正版）第三十条，用人单位需按约定足额支付劳动报酬；《工资支付暂行规定》第九条明确，劳动关系解除时应一次性付清工资。即使实习期因旷工被认定自动离职，只要劳动者已提供实际劳动，公司就需支付对应工资。若公司以“旷工自动离职”为由拒付工资，劳动者可凭劳动合同、考勤记录等证据申请劳动仲裁或支付令，该规定直接保障了劳动者的薪资权益，避免因离职形式不当导致劳动报酬损失。
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关于实习期旷工三天后自动离职对后续发展的影响，需结合具体情况判断。以下为不同场景下的详细说明：1.若公司规章制度明确规定“旷工三天视为自动离职”且已依法公示告知，离职行为可能被认定为合法解除，影响主要体现在职业记录层面；2.若公司未制定合法有效的旷工制度或未公示，自动离职的认定可能不成立，后续可能引发劳动争议；3.若旷工行为被记录在离职证明或背景调查中，可能影响未来求职时新雇主的评价。
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实习期旷工三天自动离职过程中，以下常见错误操作可能加剧负面影响：1.擅自离岗后失联：旷工后未主动与公司沟通，直接失联导致公司无法正常办理离职手续，可能被公司以“严重违反规章制度”为由记录在案，增加后续求职的背景调查风险；2.拒绝配合工作交接：自动离职前未完成工作交接，给公司造成经济损失（如项目延误、资料丢失），公司可能据此扣减工资或要求赔偿，引发劳动纠纷；3.忽视证据收集：未留存考勤记录、劳动合同等材料，若公司拒付工资或出具负面离职证明，将因缺乏证据难以维权。若已出现上述错误操作，建议尽快联系专业律师，制定针对性的补救方案，避免影响后续职业发展。

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