专票逾期处理不当可能引发法律风险。
1. 税务处罚风险：若企业伪造客观原因证明材料申请逾期抵扣，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，涉嫌偷税的，将被处以不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款，情节严重的还可能追究刑事责任。例如：某企业因未及时认证专票，伪造火灾证明申请逾期抵扣，被税务机关查实后，除补缴税款外，还被处以1倍罚款。
2. 进项税损失风险：若逾期原因不符合客观条件，企业将无法抵扣进项税，导致多缴增值税，增加经营成本。例如：某企业因财务人员疏忽，导致100万元专票逾期未认证，无法抵扣13万元进项税，直接损失13万元。
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专票逾期证明的开具需符合《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规范性文件的要求。
根据《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（2011年第50号）第一条规定：“对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。”
若企业因客观原因（如自然灾害、被盗丢失等）导致专票逾期，需按上述公告要求向税务机关提交申请及证明材料，经审核通过后可抵扣进项税；若因自身管理不善导致逾期，则不符合该公告规定的客观原因，无法申请逾期抵扣，此时无需开具官方证明。
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专票逾期后，开具相关证明需根据逾期原因和税务要求区分情况处理。
专票逾期证明开具需结合逾期原因及税务机关要求准备材料。
1. 若因客观原因（如自然灾害、被盗丢失、司法扣押等）导致专票逾期：需向主管税务机关提交《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》，并附逾期原因的书面说明（需加盖公章）、相关客观原因证明材料（如灾害证明、公安机关报案记录、司法文书等）、逾期专票抵扣联原件及复印件、对应业务的记账凭证及合同协议等。
2. 若因企业自身管理不善（如未及时认证、保管不当等）导致专票逾期：税务机关通常不予认可逾期抵扣申请，此时需自行承担进项税无法抵扣的损失，无需开具官方证明，但可留存内部管理说明以备查。
3. 若因销售方原因（如延迟开票、开票错误重开导致逾期）：需由销售方出具情况说明（加盖销售方公章），说明逾期原因及原发票处理情况，作为企业内部凭证或向税务机关解释的依据。
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专票逾期处理中，存在一些特殊情况可能影响处理结果。
1. 疫情等突发公共卫生事件：若因疫情导致企业无法正常办公，进而造成专票逾期，税务机关通常会将其认定为客观原因，允许申请逾期抵扣。例如：2020年疫情期间，多地税务机关明确，因疫情防控导致专票逾期的，可提交疫情防控证明申请抵扣。
2. 税务机关系统故障：若因税务机关的增值税发票综合服务平台故障，导致企业无法及时认证专票，企业可向税务机关申请出具系统故障证明，进而申请逾期抵扣。此时税务机关会协助企业核实故障情况，通常会予以认可。
3. 司法程序导致的逾期：若企业因涉及诉讼、仲裁等司法程序，导致专票被司法机关扣押而逾期，需提交司法机关的扣押文书，税务机关会将其认定为客观原因，允许申请抵扣。

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